Die Sortierung von Bierdeckeln kann nach den verschiedensten Kriterien erfolgen. Sehr gebräuchlich ist die Sortierung nach dem Sitz der Brauerei, üblicherweise nach Land, Staat, Bundesland und Stadt. Wenn die Brauerei Niederlassungen an unterschiedlichen Orten hat, sollte der Sitz der Hauptverwaltung ausschlaggebend für die Sortierung sein.

Man kann auch nach der Art des Bieres und dann nach der Brauerei sortieren. Manche Sammler kategorisieren nach Motiven, Ereignissen oder Form der Bierdeckel vornehmen. Eine allgemeine Empfehlung kann nicht gegeben werden; hier muss jeder Sammler eine für seine Sammlung praktikable Lösung finden.

Wenn die Untersetzer sortiert sind, stellt sich die Frage: wie aufbewahren? Auch hier gibt es nicht "DIE" Lösung. Ein ernsthafter Sammler sollte aber auf jeden Fall vermeiden, seine Bierdeckel mittels Nagel und Hammer an die Wand "tackern" oder mittels Klebstoff zu befestigen. Dies mag zwar ein ganz netter Wandschmuck sein, dem wahren Liebhaber dreht sich bei solch einem Anblick aber wohl eher der Magen um.

Als ganz sinnvoll hat sich die "Schuh-Karton-Methode" erwiesen: gerade für große Sammlungen ist dies eine recht übersichtliche Methode, wenn die Kartons entsprechend beschriftet werden. Gerade weil sie stapelbar sind, nehmen sie in Regalen einen relativ geringen Platz in Anspruch. Und die geschlossene Aufbewahrung schützt vor Staub. Ob man die einzelnen Stücke noch in Plastiktütchen steckt, ist sicherlich auch eine Preisfrage (es gibt Hüllen für Ansichtskarten, die teilweise auch für Bierdeckel passen).

Eine schöne, aber auch recht teure Methode sind Alben mit Phototaschen, die es in entsprechenden Größen im Fachhandel gibt. Hier passen etwa 4 Bierdeckel auf/in eine Seite. Besonders vorteilhaft ist es, daß man sowohl die Vorder- als auch die Rückseite der Bierdeckel betrachten kann. Geeignet ist diese Art der Aufbewahrung wohl nur für kleine Sammlungen (oder aber für die besonders schönen Stücke einer Kollektion).

Auf jeden Fall sollte man Bierdeckel aber vor direktem Sonnenlicht schützen, um Verfärbungen und Ausbleichungen zu vermeiden.